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マホーネの部屋で今までのあらましを話し始めたレイトンたち。 マホーネとの会話から手がかりを発見！
マホーネによると、ジョバンニは大図書館へよく通っていたという。ここには、ストーリーテラーによってつむがれた物語が おさめられており、「魔法」の事が書かれた「魔法大全」という本があるらしい、この本に手がかりが…？
大図書館へ向かった3人。そこには、無数の本の山。
しかし、お目当ての「魔法大全」を見るには条件があるようだ。
「魔法大全」を見るための試練とは、ナゾをクリアすることだった！！しかし1問解いた後、続けてさらなる難問が…ここも一筋縄ではいかないようだ。
司書のナゾをクリアしたレイトンたちは、無事に「魔法大全」に辿りつく。 しかし、本には何やらおかしな点があるようだ。
謎を調べる内に大図書館の中に隠された部屋を見つけたレイトンたち。
